再生纸制浆过程中对大气、水质等造成的环境污染比起一般纸张大大降低。造纸行业废水量大、分布广，是我国污染最为严重的行业之一。生产1吨纸浆需要100吨（木浆）至400吨（草浆）的水，这些污水大部分要排出。

我国造纸行业排放的需氧有机物占全国排放总量的30%以上。造纸产生的黑液污染最为严重，每生产1吨纸浆排出10吨黑液。造纸产生的废水中，含有大量的碳水化合物，蛋白质、油脂和木质素等。这些物质在微生物的作用下易于分解，分解过程中消耗大量的氧，使水中氧含量减少，影响鱼类和其他水生生物的生长。水中溶解氧耗尽后，水处于厌氧状态，有机物在厌氧菌的作用下，产生硫化氢、氨和硫醇等难闻有毒气体，使水质更加恶化。

而再生纸在制造过程中可以使废水排放量减少50%，尤其是可以省去造纸前期的几道工序，不会产生污染最为严重的黑液。